L'Ordre 66 marqua le début de la destruction des Jedi, en l'an -19, à la fin des guerres cloniques. Il s'agissait d'une directive qui avait été implémentée dans l'esprit de tous les clones républicains produits. Une fois activé, l'Ordre 66 ordonna aux soldats-clones d'attaquer et de tuer tous les Jedi à proximité. Naturellement, cet ordre ne pouvait être délivré que par son instigateur, à savoir Dark Sidous lui même.
Une fois Anakin Skywalker basculé du Côté Obscur, Palpatine put lancer son attaque finale contre les Jedi. L'Ordre 66 fut alors transmis par l'HoloNet à tous les commandants clones disséminés à travers la galaxie. De nombreux Jedi étant devenus les chefs des armées républicaines sur les différents théâtres d'opération, ils furent immédiatement à portée de tir des clones. De fait, pris par surprise, la plupart des Jedi ne purent s'échapper de ce traquenard et furent tués sans pouvoir opposer de résistance. Palpatine fut ainsi capable de se débarasser des Jedi qui étaient potentiellement les plus dangereux pour lui, puisque pour diriger les armées de clones, c'était naturellement des Jedi combattants qui avaient été choisis. Ki-Adi-Mundi, Aayla Secura, Adi Gallia et des centaines d'autres furent ainsi massacrés quelques instants après que l'Ordre 66 ait été lancé.
Quelques rares Jedi furent capables d'échapper au massacre, comme les maîtres Yoda ou encore Obi-Wan Kenobi. Traqués par tous les clones de la galaxie et par Dark Vador, ils furent d'ailleurs forcés de partir en exil et de se cacher afin d'échapper à une mort certaine. Mais avant cela, ils se rendirent une dernière fois sur Coruscant pour désactiver le message lancé aux Jedi qui stipulait que la guerre était finie et qu'ils pouvaient rentrer au temple. Cela sauva la vie de certains membres de l'Ordre qui n'étaient pas encore revenus de régions éloignées, du moins momentanément. Néanmoins, Kenobi fut incapable d'annuler l'Ordre 66 et ne put empêcher le conditionnement des Clones de les forcer à tuer leurs anciens généraux